双沟酒业在创建国家4A级旅游景区及申报省重点文物保护单位的过程中，在对老厂区建筑进行提升和修复时，发现了早期的酿酒建筑遗址，双沟酒业对此十分重视，向省、市文物局提出申请，并邀请了南京市博物馆的专家对老厂区酿酒厂房遗址进行了考古勘探，就在这块区域发现了古时酿酒的遗址。

从出土文物和地层看，共有九层文化地层，五层建筑结构，分别为建国前后、民国、明清、元、宋五个历史时期，勘探还发现了部分完整的陶瓷酒具及大量陶片、瓷片等，经专家鉴定，这些陶、瓷大部分为宋、金、元期间，最晚的也为清雍正时期，双沟酿酒的历史因此可以溯源到宋元时期，距今约九百多年，将双沟酒业历史又向前推了三百多年，这对研究双沟当地历史文化也具有一定的参考价值。